Olá Vanessa, tudo bem?
Sim, o MEI pode ter um CNAE principal e um CNAE secundário de áreas diferentes, como no exemplo que você mencionou.
Não é necessário que os CNAEs estejam relacionados a uma única área, desde que todas as atividades escolhidas estejam dentro da lista de atividades permitidas ao MEI, disponível no Portal do Empreendedor.
É importante apenas verificar se ambas as atividades desejadas são permitidas para o MEI antes de fazer o registro ou alteração.
Espero ter ajudado.