Olá Suely, bom dia.
Você pode optar por dar baixa no MEI. Esse procedimento pode ser feito no Portal do Empreendedor, e mesmo com dívidas, é possível encerrar o CNPJ. No entanto, as dívidas serão transferidas para o seu CPF. Após dar baixa, você pode parcelar os débitos em até 60 vezes, com parcelas mínimas de R$50, (eu preciso solicitar o parcelamento antes da baixa). Uma vez encerrado o MEI, você pode abrir um novo CNPJ, mas não poderá reativar o CNPJ anterior.
Outra opção é o desenquadramento do MEI, passando para outra categoria empresarial, como Microempresa (ME). Esse processo pode ser realizado no Portal do Simples Nacional. Mesmo desenquadrando, você ainda pode parcelar os débitos do MEI.
Por fim, você pode optar por manter o MEI ativo e regularizar os débitos atrasados. Também é possível parcelar os débitos diretamente no portal.
Cada uma dessas opções tem suas vantagens e desvantagens, dependendo da sua situação específica e dos seus planos futuros, é preciso avaliar direitinho.
Espero ter ajudado