Olá William, tudo bem?
Para entregar a ECD do MEI, você precisa primeiro registrar a contabilidade em um sistema contábil, como faz para qualquer empresa. Para isso, reúna:
Extratos bancários;
Controle de caixa (se houver);
Notas fiscais de compra e venda;
Outros documentos que comprovem as movimentações.
Após registrar tudo, gere o arquivo da ECD pelo sistema e faça a transmissão.
A assinatura do arquivo deve ser feita com o certificado digital do contador na parte do contador responsável, que pode assinar como procurador também.
Espero ter ajudado!