Olá Caroline
O código 99.01.01 é genérico e não pode ser utilizado por MEI, por isso o financeiro pediu o cancelamento.
Os CNAEs dele (pintura, instalação e acabamento) são permitidos ao MEI, desde que a nota seja emitida com código correto da Lista de Serviços (LC 116).
Recomendo:
Cancelar a nota e reemitir usando o código 7.02 – Execução de obras de construção civil (ou o equivalente no sistema da prefeitura), descrevendo o serviço como pintura/acabamento/revestimento.
Espero ter ajudado.

