Olá Hugo
Como já foi desenquadradado, o primeiro passo é realizar a alteração Contratual. Após a alteração que se prossegue com a baixa.
Em relação aos débitos, hoje não é mais impedimento ter em abertos para fechar uma empresa, somente declarações pendentes que trava o fechamento, logo você pode parcelar/quitar os valores em aberto antes ou depois da baixa.
Lembrando que se for após a baixa, a dívida é transferida para o CPF do sócio.
Espero ter ajudado.