Olá João, boa tarde.
As dívidas referentes às guias do MEI não são automaticamente extintas após 5 anos. Após esse período, a dívida não pode mais ser utilizada para negativar o nome do devedor nos órgãos de proteção ao crédito, como Serasa e SPC, o que é conhecido como prescrição da negativação. No entanto, a dívida continua existindo e o credor ainda pode cobrá-la, mas não através de meios judiciais.
Se o MEI não pagar as guias, pode enfrentar várias consequências, como perda do direito a benefícios previdenciários, cancelamento do CNPJ após dois anos sem pagamento, inscrição na Dívida Ativa da União, cobrança judicial da dívida, além de multas e juros sobre os valores não pagos. Se a dívida for inscrita na Dívida Ativa, ela pode ser cobrada judicialmente e, dependendo do caso, afetar o CPF do titular do MEI.
Mesmo após a baixa do MEI, as obrigações tributárias anteriores, como o pagamento das guias e a entrega de declarações, devem ser cumpridas. A não entrega das declarações pode resultar em multas e outras penalidades administrativas.
Portanto, mesmo que a negativação "caduque" após 5 anos, a dívida não desaparece e pode trazer complicações futuras. A melhor opção é sempre buscar a regularização das pendências. Existem programas e negociações que podem facilitar o pagamento e a regularização da situação do MEI.
Espero ter ajudado!