Olá Beatriz, tudo bem?
Se houver a necessidade de usar o certificado digital do cliente, sim. Precisará fazer a instalação para utilizá-lo.
Mas geralmente os escritórios contábeis para a maioria das atividades, optam por fazer procuração para o contador responsável pela empresa para não precisar instalar todos certificados dos clientes na máquina. Só que podem ter declarações, assinaturas, alguma outra situação que ainda assim, você vai precisar instalar o certificado do seu cliente.
Espero ter ajudado!