Olá! Bom dia Mariele.
Fazendo a contabilidade da empresa desde 01/01 você pode estar lançando o valor recebido anteriormente como aditamento de cliente, e desconsiderando o valor da declaração do MEI.
Ou você pode fazer o desenquadramento retroativo a 01/01 e novamente lançar o valor como adiantamento de cliente na contabilidade.
Espero ter ajudado.