Olá Bom dia Mariele.
O MEI já emitiu alguma nota esse ano? ira emitir alguma outra?
Caso seja a única nota no ano, não tem problema, agora caso o MEI vá emitir novas notas eu aconselharia a já transformar em LTDA, para evitar problemas.
Pois você pode fazer a transformação após a emissão da nota como MEI, ou seja no mês subsequente, porem o MEI pode sim vir a ser fiscalizado e ai vai caber a interpretação da receita.
Espero ter ajudado!