Olá Leticia, tudo bem?
Recomendo entrar em contato com os órgãos para tentar entender o que está ocorrendo no caso do seu cliente.
Em situações como essa, em que ocorreu uma mudança no regime tributário da empresa (de MEI para Simples Nacional) e há dificuldades na baixa junto aos órgãos competentes, é recomendável seguir os seguintes passos:
Entre em contato com a Receita Federal para informar sobre a mudança no regime tributário e obter orientações sobre como proceder. E também é importante entrar em contato com a Junta Comercial do Estado de São Paulo (JUCESP) para esclarecimentos e orientações específicas sobre a baixa da empresa.
Acredito que esteja havendo conflito de informações.
Espero ter ajudado!