Olá Suely, tudo bem?
Quando um MEI quer transferir/vender o estoque para outro CNPJ, ele precisa emitir uma nota fiscal de venda. Isso porque não existe uma “transferência” direta entre empresas com titularidades diferentes – nesse caso, configura uma operação de venda.
Então, sim, o MEI terá que emitir uma nota fiscal de venda comum, com os produtos descritos e valor. A receita dessa venda entra no faturamento do MEI.
Depois de emitida a nota, é possível dar baixa no estoque normalmente.
Temos algumas aulas com algumas orientações sobre emissão de nota fiscal do MEI:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei/3219057-nota-de-comercio
https://www.youtube.com/watch?v=hFI5ENeqHW8
Espero ter ajudado!