Olá João
Habitar a emissão de NFSE é diferente do cadastro junto a Prefeitura.
Nesse caso, o cadastro é feito para solicitação do Alvará de funcionamento, onde terá o número de inscrição no município.
Recomendo verificar como é feito o cadastro na Prefeitura, pode ser que esse município isente o MEI de inscrição, uma vez que o Alvará de funcionamento é isento para MEI, mas cabe a prefeitura homologar isso.
Espero ter ajudado.