Sim, é possível que ele encerre o MEI atual e futuramente abra um novo, inclusive com o mesmo CNAE. No entanto, é importante destacar que as dívidas do MEI (sejam guias mensais ou parcelamentos em aberto) continuam atreladas ao CNPJ e, posteriormente, podem ser transferidas para o CPF do titular.
Por isso, o ideal é que ele regularize essas pendências o quanto antes — seja por meio de pagamento à vista ou parcelamento — para evitar a inscrição em Dívida Ativa da União, o que pode gerar cobrança judicial e restrições no CPF.