Olá Bruno, tudo bem?
Você consegue sim pelo site do e-cac, acredito que incluindo também os de 2024, pois o CNPJ já estará baixado.
Débitos não impede a baixa do MEI. Porém, se não for feito os pagamentos dos débitos (via parcelamento, por exemplo) estes irão para o CPF do seu cliente.
Porém, eu indicaria você efetuar antes o parcelamento e verificar com o seu cliente para ele pagar as duas guias de 2024 (ref. janeiro e fevereiro).
Espero ter ajudado!