Olá! Boa tarde Eduardo.
Não tem problema você ter duas atividades, o melhor é realmente ter uma conta jurídica para o MEI e de preferencia uma física apenas para a movimentação exclusiva do produtor rural para você não ter problemas.
Lembrando que produção superior a 56 mil precisa efetuar o livro caixa da produção rural. é imprescindível que você tenha esse arquivo para que possa ter documentação caso precise apresentar para a receita em algum momento.
Outra questão a se analisar é a obrigatoriedade da entrega, em algum momento a receita pode questionar que você esteja tendo mais receita tributável. (não é um afirmação e sim um caso que a receita pode questionar).
Lembrando que caso precise fazer a declaração por alguma obrigação, todas as rendas precisam ser declaradas.
Espero ter ajudado.