Olá, Márcio. Tudo bem?
Como o MEI já está desenquadrado do Simples, não é possível fazer a baixa pelo Portal do Empreendedor. O procedimento correto é regularizar todas as pendências, entregar as declarações em atraso e parcelar eventuais débitos. Depois disso, é necessário solicitar o encerramento do CNPJ na JUCESP, seguindo os procedimentos de baixa de sociedade.
Segue o link da aula que explica o processo com mais detalhes:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/239569-abertura-alteracao-e-baixa-de-empresas-vre/4727418-mei-desenquadrado-por-ato-administrativo-como-resolver-e-baixar
Espero ter ajudado!