Olá Jennifer
Você deve classificar e considerar apenas o que for efetiva receita da atividade MEI. As demais entradas, como empréstimos, transferências da conta física, reembolsos, etc... Podem ser desconsideradas, mas devem estar bem documentadas. Se não fizer isso, há risco real de desenquadramento automático e autuações, pois a Receita Federal usa cruzamento bancário e pode aplicar presunção de omissão de receita, se o contribuinte não justificar as entradas como não operacionais.
Espero ter ajudado.