Bom dia!
É uma situação comum e tem solução, mas exige alguns passos para regularizar antes de fazer a baixa.
Mesmo estando inapto por omissão de declarações, o MEI precisa ser regularizado minimamente. O primeiro passo é transmitir as DASN-SIMEI em atraso. Na prática, para resolver a inaptidão, costuma ser suficiente entregar as declarações mais recentes (normalmente os últimos anos vinculados à omissão), mesmo que sem faturamento — nesses casos, elas são enviadas zeradas.
Após a entrega, serão geradas multas por atraso. Em relação às guias DAS não pagas, os débitos continuam existindo, pois o MEI tem obrigação mensal independentemente de faturamento. Esses valores podem ser quitados ou parcelados.
Embora seja possível solicitar a baixa mesmo com débitos em aberto, o mais recomendado é já organizar a situação antes, seja quitando ou realizando o parcelamento, para evitar pendências futuras e manter maior controle.
Na sequência, você pode solicitar a baixa do MEI no Portal do Empreendedor. Após o encerramento, o CNPJ é baixado, mas eventuais débitos permanecem vinculados ao CPF do titular e podem continuar sendo regularizados posteriormente. Claro se isso for postergado por muito tempo depois pode virar dívida ativa. Inclusive é bom verificar no ECAC e no https://www.regularize.pgfn.gov.br/ se já não há débitos em dívida ativa, por conta do tempo que já está sem pagamento.
