Olá, Jeniffer! Tudo bem?
Como você mencionou, o MEI não pode ser sócio de outra empresa. Portanto, seu cliente precisará dar baixa nesse CNPJ MEI.
Ele pode abrir outro CNPJ, como uma Microempresa (ME), optar pelo Simples Nacional e/ou continuar atuando como autônomo. O ideal é que você analise junto com ele qual opção é mais vantajosa financeiramente.
No nosso curso de autônomos, temos aulas sobre a tributação para autônomos, que acredito que irão te ajudar bastante!
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/152278-como-atender-autonomos-e-profissionais-liberais
Espero ter ajudado!