Olá Luiara, tudo bem?
Seu cliente precisará criar um acesso utilizando o e-mail que você cadastrar para ele.
Ao realizar o cadastro, preenchendo CNPJ, e-mail e demais informações na aba "Gerenciar Clientes", será exibida a seguinte mensagem:

Você deverá clicar em "Sim" e orientar seu cliente a acessar o e-mail cadastrado para realizar o primeiro acesso.
Caso o e-mail não esteja na caixa de entrada, peça para ele verificar a pasta de spam.
Ao abrir o e-mail, ele deverá clicar no link para criar a senha.

Preenche o e-mail cadastrado e segue para criar a senha:

Depois que ele criar o acesso e clicar nesse link, vai aparecer essa página para ele:

O link para ele acessar depois no dia a dia é esse e com e-mail e senha dele:
https://acesso.contabilidadefacilitada.com/cliente-login
Espero ter ajudado!