Olá Iza
1. O limite do MEI é anual, mas para controlar e termos base, usamos a média mensal. Isso não quer dizer que exista esse limite mensal, serve apenas para controle, por isso foque no limite Anual.
2. Se a empresa não tem interesse de contabilizar suas atividades, infelizmente não tem como organizar a entrada de materiais prima. Nesse caso, não se tem documento hábil para uma contabilidade.
Espero ter ajudado.