Olá Cátia
Sim, é permitido os órgãos públicos adquirir mercadorias e serviços sem licitação, mas com ressalvas e em alguns casos.
A Matriz do sistema emissor Sebrae já vem parametrizado para empresas do Simples Nacional (MEI também).
Certidões é para saber se a empresa está em dias com os fiscos. E para vender para órgãos públicos a empresa não pode ter débitos em aberto. As certidões Negativas são: Federal, Estadual, FGTS, Municipal e Trabalhista.
Espero ter ajudado.