Olá Carlos, tudo bem?
Se a atividade que ele exerce não está cadastrada no CNPJ, o ideal é realizar a alteração para incluir uma atividade compatível. Caso a atividade desejada não esteja na lista de ocupações permitidas para MEI, será necessário avaliar a possibilidade de migrar para ME, optando pelo Simples Nacional. Dessa forma, ele poderá emitir notas fiscais corretamente.
Espero ter ajudado!