Olá Rafael, tudo bem?
Basta entregar as DASN-SIMEI que é a declaração anual do MEI, dos anos que constam como omissos (2023 e 2024). Depois do envio, o sistema atualiza a situação do MEI automaticamente e gera as multas por atraso, após a transmissão, que podem ser pagas com desconto se quitadas dentro do prazo.
Segue o link da aula para mais detalhes: https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei/3219021-das-simei
Espero ter ajudado.