Olá Leandro, tudo bem?
No momento, o governo não disponibiliza nenhum desconto para o pagamento total ou parcelado de débitos do MEI enquanto esses valores estiverem apenas no parcelamento tradicional.
Os descontos geralmente são aplicáveis apenas a dívidas inscritas na dívida ativa da União, sob gestão da PGFN, e em situações específicas como transações tributárias. Para débitos ainda em fase administrativa (na Receita Federal), não há previsão de benefícios similares.
Espero ter ajudado!