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Olá Bruna, tudo bem?
O indicado é que sejam utilizadas as notas fiscais que estão no CNPJ da empresa. Mas para isso, você precisa ter feito a contabilidade dessa empresa.

Caso não tenha feito, o nosso entendimento é que na declaração do imposto de renda do MEI sem contabilidade regular, só pode abater os 8% do faturamento (para atividade de comércio).
Uma vez que não temos uma legislação clara à respeito disso e que nos resguarde quanto a esse abatimento.

Indicaria então, que você assista a nossa aula sobre rendimentos isentos e tributáveis para MEI, para você compreenda melhor:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei-2024/3219086-rendimento-isentos-e-tributaveis

Espero ter ajudado!