Olá, Larissa! Tudo bem?
Você pode consultar as pendências do CNPJ pelo site do e-CAC:
https://cav.receita.fazenda.gov.br/autenticacao/login
No e-CAC, vá em "Situação Fiscal", onde constarão todas as pendências/ou não da empresa. Além disso, é importante verificar se há impostos em aberto além de alguma DASN-SIMEI (Declaração Anual do MEI) pendente.
Outras coisas que recomendo analisar antes de dar a baixa no MEI:
Verificar se há dívidas com a Previdência Social ou FGTS (caso tenha funcionários).
Verificar se há alguma Dctfweb para enviar também (caso tenha funcionários).
Espero ter ajudado!