Olá Fabiano
Para definir se sua esposa poderá abrir um MEI ou não é saber de fato os serviços prestados por ela, pois o CNAE de assistente virtual (8211-3/00 - Serviços combinados de escritório e apoio administrativo) não pode ser MEI, mas se ela apenas prepara documentos de apoio ao serviço administrativo, pode ser MEI (8219-9/99 - Preparação de documentos e serviços especializados de apoio administrativo).
Espero ter ajudado.