Olá Regiane, tudo bem?
Você pode fazer a alteração de atividade e a mudança de natureza jurídica no mesmo processo, o que normalmente gera apenas uma taxa, referente à transformação contratual.
Mas como isso pode variar de acordo com a Junta Comercial do seu estado, o ideal é entrar em contato com eles ou consultar o site oficial para verificar qual será o valor e como eles tratam esse tipo de solicitação.
Assim, você evita pagar taxa duplicada ou protocolar algo da forma errada.
Espero ter ajudado!