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 Olá Juliana, boa tarde!A principal distinção reside no fato de que como profissional autônomo, você é responsável por pagar o INSS, o qual corresponde a no mínimo 11% do salário mínimo. Essa contribuição lhe confere o status de segurado da Previdência Social, concedendo-lhe acesso a benefícios previdenciários como licença em caso de acidentes de trabalho, doença, maternidade, além de aposentadoria por invalidez ou idade. Caso deseje se qualificar para a aposentadoria por tempo de contribuição, a taxa sobe para 20%. Já no caso do MEI, para ter direito à aposentadoria por tempo de contribuição, é necessário efetuar uma contribuição complementar de 15%. 
Espero ter ajudado.