Dê baixa no MEI e abra uma Organização Religiosa. Processo é mais simples do que fazer todas as alterações.
Será preciso redigir a ata de constituição e eleição da diretoria e conselho fiscal, estatuto de acordo com o novo código Civil, registro em cartório, CNPJ e alvará municipal.
Lembrando que o Estatuto precisa ser assinado por um Advogado.
Espero ter ajudado.