Olá Jennifer
Quem irá definir se ele pode atuar como funcionário público e MEI é a legislação Municipal. Alguns municípios não permite, mas outros sim, então recomendo verificar a legislação Municipal.
Para esse serviço de Gestão de Agricultura, o CNAE recomendado é o 7490-1/03 Serviços de agronomia e de consultoria às atividades agrícolas e pecuárias, mas ele não pode ser MEI.
Então não tem como emitir notas desses serviços sendo MEI.
Espero ter ajudado.