Olá Karoline
Se esse MEI não tiver Contabilidade regular, pode sim ser desenquadradado, pois a Receita Federal vai entender que tudo é Faturamento.
Mas com a contabilidade, é possível desmontrar a Real Receita da Empresa. Recomendo que também emita Notas Fiscais apenas com o valor da comissão, assim, caso venha a ser notificado, essa empresa tenha comprovação de suas reais Receitas.
Espero ter ajudado.