Olá, tudo bem?
Conversei com alguns colegas contadores e eles conseguiram realizar o procedimento que você mencionou: quitaram as custas do cartório, a dívida voltou para o portal Regularize e, em seguida, puderam efetuar o parcelamento.
É importante destacar que, quando a dívida está protestada, após o parcelamento pelo Regularize, é necessário comparecer ao cartório para solicitar a baixa do protesto e efetuar o pagamento dos emolumentos correspondentes.
Acredito também que o próprio cartório possa fornecer informações adicionais sobre o procedimento, especialmente considerando que essa situação tem ocorrido com diversos MEIs.
Espero ter ajudado.
