Olá João Vitor, tudo bem?
Conforme manual de restituição do MEI:
No pedido eletrônico de restituição os procedimentos de análise do crédito e o pagamento são automatizados e, em média, concluídos em até 60 dias a partir da data do pedido, para os casos regulares. Os lotes para pagamento são programados para o dia 20 de cada mês ou dia útil seguinte.
https://www8.receita.fazenda.gov.br/SimplesNacional/Arquivos/manual/MANUAL_RESTITUICAO.pdf
Espero ter ajudado!