Olá, bom dia!
Bom, não é tão incomum no agronegócio, mas exige atenção maior por envolver operações entre partes relacionadas.
A operação em si é legalmente possível, mas precisa ser conduzida com cuidado. Quando a mesma pessoa vende a produção para uma empresa da qual ela própria é sócia, o Fisco estadual e a Receita Federal observam esse tipo de operação com atenção, especialmente quando há potencial de planejamento tributário abusivo.
O ponto mais crítico é o preço praticado. Ele precisa ser compatível com o valor de mercado do produto. Não é possível vender por um valor artificialmente baixo para reduzir a base do ICMS ou do IRPF, nem por um valor artificialmente alto para gerar custo excessivo na empresa compradora. Esse é o principal risco dessas operações.
Em relação aos tributos na saída do produtor rural, o ICMS incide normalmente à alíquota de 18% se o comprador for contribuinte do imposto em SP, salvo diferimento aplicável ao produto. O Funrural, de 1,5% sobre a receita bruta, pode ser retido e recolhido pela própria empresa compradora por substituição tributária. O IRPF rural segue sendo apurado normalmente no Livro Caixa, considerando receitas e despesas da atividade.
Na entrada da mercadoria na empresa, ela pode se creditar do ICMS destacado na nota, se houver direito a crédito, e o valor da compra entra como custo da mercadoria, reduzindo a base de apuração do lucro.
O ponto de atenção mais importante é que toda essa estrutura é legítima e amplamente utilizada, mas a Receita Federal pode questionar a operação se entender que ela foi montada apenas para reduzir carga tributária sem substância econômica real. Por isso é fundamental que haja preço de mercado documentado, nota fiscal emitida corretamente, pagamento efetivo entre as partes e registros contábeis consistentes nos dois lados. A empresa não pode simplesmente absorver a produção sem o fluxo financeiro correspondente.