Boa tarde, Andre,
Boa pergunta, e é bem comum essa dificuldade nas empresas menores.
Vou te explicar como funciona a contabilização e, em seguida, falo sobre como orientar a empresa a te fornecer o controle necessário.
Sobre a contabilização em si
Para uma prestadora de serviços, o lançamento de receita costuma ser feito no momento em que o serviço é prestado (regime de competência) ou quando o pagamento entra (regime de caixa), dependendo do regime adotado. O mais comum no Lucro Presumido e no Simples Nacional é o regime de caixa, então a receita é reconhecida quando o dinheiro cai.
Para pagamentos via Pix, o valor cai direto na conta corrente da empresa. O lançamento fica simples: débito em Banco Conta Corrente e crédito em Receita de Prestação de Serviços. Não tem intermediário.
Para cartão de crédito e débito, a coisa muda um pouco porque existe a figura da operadora de cartão (Cielo, Stone, GetNet, etc.). O valor não cai na conta no mesmo dia, e ainda sofre desconto de taxa. O caminho normal é assim:
Na data da venda, você registra o valor bruto como receita. Debita uma conta chamada "Valores a Receber de Operadoras de Cartão" (um ativo circulante) e credita Receita de Prestação de Serviços.
Quando o dinheiro cai na conta, debita Banco Conta Corrente pelo valor líquido, debita Tarifas Bancárias ou Despesas com Taxas de Cartão pelo valor das taxas, e credita "Valores a Receber de Operadoras de Cartão" pelo valor bruto.
Esse é o lançamento mais correto contabilmente. Algumas empresas pequenas simplificam e só registram na entrada do dinheiro, mas o ideal é separar para ter a receita bruta correta.
Sobre os relatórios que a empresa precisa te enviar
Sem controle adequado, fica difícil fechar qualquer conta. O que você precisa orientar a empresa a te fornecer é:
O extrato bancário com as entradas via Pix identificadas, se possível com a descrição do cliente. As maquininhas de cartão todas têm um portal ou aplicativo onde é possível gerar relatório de vendas por período, com data, valor bruto, taxa cobrada e data de liquidação. Você pode orientar a empresa a acessar esse portal (Cielo, Stone, Getnet, PagSeguro, etc.) e exportar esse relatório mensalmente.
Se a empresa usar o próprio celular para receber por Pix sem chave específica por venda, aí o controle precisa ser manual. Nesse caso, você pode sugerir que eles criem um controle simples em planilha, anotando data, cliente, serviço prestado, valor e forma de pagamento.
O ideal a longo prazo é que a empresa use algum sistema de gestão, mesmo os gratuitos como o Granatum ou o próprio Excel mais organizado, para que você tenha dados consistentes para trabalhar.