Boa tarde, Leonardo,
Que observação excelente! Esse é um erro bem comum na prática e que passa despercebido com frequência, inclusive em empresas que já têm uma rotina contábil estabelecida.
O problema central
Quando uma empresa é optante pelo Lucro Real ou pelo Lucro Presumido com apuração não cumulativa de PIS/COFINS, ela tem direito a se creditar de alguns impostos embutidos nas notas de compra, como ICMS, PIS e COFINS (a depender do regime).
Isso significa que o custo real da mercadoria para fins contábeis é o valor líquido, ou seja, sem os impostos recuperáveis. Isso está previsto no CPC 16 (Estoques), que determina que o estoque deve ser mensurado pelo seu custo de aquisição, excluindo os tributos recuperáveis.
O impacto tributário
Esse CMV inflado reduz o lucro bruto da empresa. E numa apuração de Lucro Real, isso impacta diretamente a base de cálculo do IRPJ e da CSLL.
Paradoxalmente, nesse caso específico a empresa acabaria pagando menos IRPJ e CSLL do que deveria, porque o lucro ficou subavaliado. Mas isso é um problema grave, pois representa uma distorção nas demonstrações contábeis e um risco fiscal relevante em caso de fiscalização.
Além disso, as demonstrações financeiras ficam incorretas, o que prejudica qualquer análise de resultado, margem e tomada de decisão.