Boa tarde, Rodrigo
Boa pergunta! Esse é um cenário bem comum no dia a dia dos MEIs.
O MEI pode ter um único empregado, que recebe o salário mínimo nacional ou o piso da categoria. Isso já está previsto na legislação do MEI, então não há nenhum problema em ter essa funcionária registrada.
Quanto ao pagamento do aluguel rateado com a funcionária, é importante entender que o MEI não pode ter sócios nem dividir formalmente custos de estrutura com outra pessoa como se fosse uma parceria empresarial. O que pode acontecer, na prática, é uma das seguintes situações:
Se a funcionária registrada ajuda a "custear" o espaço por meio do próprio trabalho, isso já está contemplado na relação de emprego normal. O MEI paga o salário dela com carteira assinada, recolhe o eSocial, e ela presta os serviços no espaço. Não há necessidade de nenhum documento adicional para isso.
Se o que se quer é que a funcionária pague uma parte do aluguel do espaço, aí o cenário muda bastante. Isso não seria adequado dentro da relação de emprego, pois a funcionária CLT não pode ser cobrada por custos da estrutura do empregador. Descontar aluguel do salário dela seria ilegal.
Uma alternativa que funciona bem nesse tipo de situação é a chamada locação de espaço (cadeira), onde a outra profissional seria tratada não como funcionária, mas como uma profissional autônoma que aluga a cadeira/espaço. Nesse caso, ela precisaria ter seu próprio CNPJ MEI (ou atuar como autônoma) e pagar um valor combinado pelo uso do espaço. O comprovante seria um recibo ou contrato de locação de espaço entre as duas partes.
Para o comprovante de pagamento que a funcionária solicita, isso vai depender de qual é a situação real:
Se ela é empregada registrada, o comprovante de pagamento é o próprio holerite (recibo de salário), que deve ser emitido mensalmente e assinado por ambas as partes.
Se ela for tratada como locatária de espaço (autônoma/MEI), o comprovante seria um recibo de aluguel de espaço, que pode ser feito de forma simples com os dados das duas partes, o valor pago, a data e a assinatura.
O mais importante é que a situação esteja formalizada de forma coerente, para não gerar problemas trabalhistas ou fiscais no futuro. Se a profissional trabalha com exclusividade, horário fixo e sob supervisão, ela caracteriza vínculo empregatício e deve ser registrada. Se ela tem autonomia, define seus próprios horários e atende seus próprios clientes, o modelo de locação de espaço é o mais adequado