Boa tarde, Rodrigo,
Quando isso acontece, o caminho vai depender se a nota ainda pode ser cancelada ou não.
Se a nota ainda estiver dentro do prazo de cancelamento (geralmente 24 horas após a autorização):
A forma mais simples é cancelar a nota fiscal e emitir uma nova já com o CST correto (01). O cancelamento é feito direto no sistema emissor ou na SEFAZ do seu estado, e depois é só emitir novamente com as informações corretas.
Se o prazo de cancelamento já tiver expirado:
Nesse caso, a alternativa é emitir uma Carta de Correção Eletrônica (CC-e). No entanto, é muito importante ter atenção aqui porque a legislação (Ajuste SINIEF 07/2005) proíbe o uso da carta de correção para alterar dados que impactem o valor do imposto. Como o CST do PIS e da COFINS está diretamente ligado ao cálculo e à apuração dessas contribuições, existe uma discussão sobre se seria possível corrigir via CC-e.
Na prática, muitos emitentes utilizam a carta de correção para esse tipo de ajuste, mas é um ponto que pode gerar questionamentos em uma fiscalização. O mais seguro seria verificar junto ao seu contador ou à Receita Federal a orientação específica para a sua situação.
Quanto ao impacto na apuração:
Independentemente da correção na nota, é fundamental garantir que a escrituração do PIS e da COFINS na EFD Contribuições reflita o CST correto (01), que indica operação tributável com alíquota básica. Isso tem reflexo direto no que será apurado e recolhido, então o ajuste precisa ser feito também na obrigação acessória.