Olá Amanda, boa noite.
Sim, a empresa pode conceder a rescisão contratual ao funcionário mesmo com a aposentadoria por invalidez ativa. A rescisão do contrato de trabalho não afeta o benefício da aposentadoria por invalidez, que continuará sendo pago normalmente pelo INSS. O funcionário não corre o risco de perder sua aposentadoria ao ter o contrato rescindido pela empresa.
Espero ter ajudado!