Olá Dandara, tudo bem?
Sim, os pagamentos a autônomos PF, com retenção de INSS e recolhimento via GPS, entram na base do Fator R, pois são considerados despesas com folha.
Mas é importante que o pagamento seja feito via RPA, com os devidos encargos, e que a informação seja enviada ao e-Social. Só cadastrar o autônomo no sistema não é suficiente, o valor precisa ser efetivamente recolhido e informado.
Esses pagamentos não vão para a Reinf, pois são relacionados à previdência de pessoa física e devem ser declarados no e-Social.
Espero ter ajudado.