Olá Cristiane, tudo bem?
O INSS, nesse caso, será recolhido por meio do RPA – Recibo de Pagamento a Autônomo. Mesmo que você emita nota fiscal de serviço junto à prefeitura como autônomo (com ISS fixo), a empresa contratante ainda deve elaborar o RPA com base no valor pago e realizar a retenção de 11% de INSS, conforme previsto para contribuintes individuais.
Portanto, o valor líquido que você receberá será o valor bruto do serviço menos a retenção de INSS. A nota fiscal serve como comprovação da prestação do serviço, mas não substitui o RPA para fins de cálculo e recolhimento do INSS.
Espero ter ajudado.