Olá Marcos, primeiro precisa tirar um extrato analítico e verificar quais competências estão em cada base, a destinação da base se dá pelo banco onde ocorreu o pagamento do FGTS. Independente da competência informada no momento da transmissão da SEFIP, a Caixa faz a destinação da base por conta própria.
Voce pode pedir unificação das contas do FGTS direto na Caixa Econômica.
Espero ter ajudado.