Bom dia,
pode ser feito o encerramento normal, uma vez que o contrato já tinha um prazo de inicio e fim, e mesmo ele estando de atestado esse desligamento esta de acordo com a lei, agora se ele esta afastado pelo INSS, dai nesse período ele fica com contrato suspenso e quando ele retorna você demite por termino de contrato, lembrando que em casos de acidente de trabalho ele não poderá ser demitido por conta da estabilidade.
Espero ter ajudado!!!