Olá Laís, boa tarde.
A empresa que desconta o maior valor, deve emitir mensalmente uma carta informando a base de cálculo e o valor de desconto que deve ser encaminhado para a outra empresa para que seja descontado somente o proporcional até o valor de limite mensal estabelecido.
Desconheço o ressarcimento em contribuições indevidas a maior mas recomendo entrar em contato com a Receita ou dependendo dos valores, até mesmo um processo administrativo.
Espero ter ajudado.