Olá Antônia, tudo bem?
Não há impedimento para regularizar as pendências de GFIP após a baixa do CNPJ, mas é necessário buscar a regularização o quanto antes, já que as obrigações fiscais e previdenciárias ainda podem ser cobradas. Certificado digital e token de conectividade podem ser solicitados após a baixa do CNPJ, mas, em alguns casos, será necessário usar o CPF do responsável ou solicitar novos acessos para resolver as pendências.
Espero ter ajudado.