Boa tarde, Carol,
Boa pergunta, isso acontece com mais frequência do que parece e tem uma solução bem tranquila.
Quando uma parcela do Crédito do Trabalhador não é descontada na competência correta por falta de importação do arquivo, a conduta mais comum é realizar o desconto das parcelas em atraso nas folhas subsequentes, respeitando os limites legais de consignação.
O primeiro passo é entrar em contato com a instituição financeira responsável pelo empréstimo para informar a situação e solicitar o arquivo de retorno atualizado, que normalmente já vem com as parcelas em aberto sinalizadas. Muitas vezes a própria financeira orienta sobre como proceder, inclusive se é possível descontar as duas parcelas juntas na folha seguinte.
Antes de fazer qualquer desconto retroativo, é importante verificar se o empregado ainda tem margem consignável disponível, já que o total de descontos não pode ultrapassar 35% da remuneração (sendo 5% destinados exclusivamente a despesas com cartão de crédito consignado, conforme a legislação vigente). Se a margem permitir, o desconto da parcela em atraso pode ser feito junto com a parcela do mês atual.
Caso não haja margem suficiente para as duas parcelas no mesmo mês, o procedimento é negociar com a financeira um novo calendário de reposição, parcelando o valor em atraso ao longo dos meses seguintes, sempre dentro do limite consignável do trabalhador.
Por fim, é recomendável registrar internamente o ocorrido e guardar o comprovante da comunicação com a instituição financeira, tanto para fins de auditoria quanto para resguardar a empresa de qualquer questionamento futuro.