Olá Joice, boa tarde.
Sim, o salário maternidade deve ser incluído na Declaração do Imposto de Renda Retido na Fonte (Dirf). Ele é considerado um rendimento tributável. Por isso, deve ser informado no CNPJ do INSS na ficha 'Rendimentos Tributáveis Recebidos de Pessoas Jurídicas’. Se o seu sistema não está extraindo essas informações, pode ser necessário revisar as configurações ou contatar o suporte técnico do sistema.
Espero ter ajudado!