Olá Flávio, boa tarde.
Se ele possui vínculo como sócio, ele pode contribuir dessa forma mesmo para o INSS, não tem muito sentido nem vantagem contribuir com o pró-labore e por fora. Acho mais vantajoso aumentar o valor de pró-labore para manter a base de contribuição.
Sim, o valor de INSS conta para a base de contribuição da aposentadoria, deve-se entregar o esocial e pagar a guia da DCTFWEB, sem o pagamento não entra no cálculo.
Espero ter ajudado.